Patriarhul României a cerut tratament egal în Republica Moldova pentru Mitropolia Basarabiei, astfel încât clericii acesteia să poată acorda asistență religioasă în armată, spitale și penitenciare sau să participe la evenimentele oficiale la care sunt chemați doar clericii din cealaltă structură bisericească, subordonată Moscovei. Solicitarea i-a fost adresată lui Igor Grosu, președintele Parlamentului de la Chișinău, care a vizitat Patriarhia Română alături de președintele Camerei Deputaților Ion-Marcel Ciolacu și de premierul Nicolae-Ionel Ciucă.
Totodată, Patriarhul Daniel a reiterat solicitarea ca autoritățile Republicii Moldova să retrocedeze clădirile fostei Facultăți de Teologie Ortodoxă și ale fostului Seminar Teologic din Chișinău. De asemenea, a solicitat atribuirea compensatorie a unui imobil în schimbul fostului sediu al Mitropoliei Basarabiei, care a fost demolat în perioada comunistă, pe locul acestuia fiind ridicată actuala clădire a Guvernului Republicii Moldova. Igor Grosu a spus că unele dintre problemele care privesc tratamentul egal sunt în curs de soluționare, la fel și solicitările privind atribuirea unor immobile către Mitropolia Basarabiei.
Reactivată după prăbușirea URSS, Mitropolia Basarabiei este recunoscută oficial drept succesoare spirituală, canonică și istorică a Mitropoliei Basarabiei desființată de sovietici, care funcționase până în 1944. Autoritățile de dincolo de Prut au admis în legalitate mitropolia subordonată Patriarhiei Române abia în 2002, după mai multe procese în Republica Moldova şi la Curtea Europeană a Drepturilor Omului. Mitropolia Basarabiei numără patru episcopii istorice sufragane: Arhiepiscopia Chișinăului, Episcopia de Bălți, (fosta Episcopie a Hotinului), Episcopia Basarabiei de Sud (fosta Episcopie de Cetatea Albă și Ismail), Episcopia Ortodoxă a Dubăsarilor și a toată Transnistria (fosta Misiune Ortodoxă Română din Transnistria).